เดิมองค์การบริหารส่วนตำบลวัดสน เริ่มจัดตั้งเป็นองค์การบริหารส่วนตำบล ในวันที่ 23 กุมภาพันธ์ 2540 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 16 ธันวาคม 2539 โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับประกาศทั่วไป เล่ม 113 ตอนพิเศษ 52 ง ลงวันที่ 25 ธันวาคม 2539 มีจำนวนหมู่บ้านทั้งหมด 3 หมู่บ้าน หมู่ที่ 2 บ้านยางเอนเต็มที่, หมู่ที่ 3 บ้านวัดสน (บางส่วน) และหมู่ที่ 4 บ้านพังขาม (บางส่วน) เป็น 1 ใน 11 องค์การบริหารส่วนตำบลในเขตอำเภอระโนด จังหวัดสงขลา

ต่อมากระทรวงมหาดไทยได้ประกาศ เรื่องยุบรวมองค์การบริหารส่วนตำบลบ่อตรุรวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลวัดสน อำเภอระโนด จังหวัดสงขลา ประกาศในราชกิจนุเบกษา เล่มที่ 17 ตอน 92 ง ลงวันที่ 16 พฤศจิกายน 2543 มีผลบังคับใช้ภายในวันที่ 15 กรกฎาคม 2544 ทำให้องค์การบริหารส่วนตำบลวัดสนมีหมู่บ้านเพิ่มขึ้นเป็น 5 หมู่บ้าน คือ
1. หมู่ที่ 2 ตำบลวัดสน บ้านยางเอน , บ้านวัดนก , บ้านสามฐี (เต็มพื้นที่)
2. หมู่ที่ 3 ตำบลวัดสน บ้านวัดสน (บางส่วน)
3. หมู่ที่ 4 ตำบลวัดสน บ้านพังขาม (บางส่วน)
4. หมู่ที่ 4 ตำบลบ่อตรุ บ้านวัดประดู่ (บางส่วน)
5. หมู่ที่ 5 ตำบลบ่อตรุ บ้านโพธิ์แค่ (บางส่วน)